東京商工リサーチが発表した「インボイス制度の登録数動向調査」結果によると、当初の申請期限だった３月末までのインボイスの登録件数は、累計２６８万件。登録が進んだ法人に対し、伸び悩んでいた個人事業主だが、３月に法人の２倍超となる１８万１０３２件の登録があり、累計８５万６０６０件に達しました。経過措置の効果や取引先からの要請、業務委託契約者の登録が押し上げたものとみらます。
インボイス制度は１０月１日に運用が開始。当初は３月末が登録の申請期限だったが、９月末まで期限が延長されました。２０２３年３月末の法人登録数は１８２万４８０７件で、２０１６年「経済センサス」の法人数（１８７万７４３８件）を基にした登録率は９７．１％。単月の登録数は、２０２２年１１月（２１万７１３件）をピークに４ヵ月連続で前月を下回り、３月は８万２０３５件とピークアウトしています。
なお、２０２０年度時点の売上高が１０００万円を超える課税事業者数（法人数２０５万社）との比較では、登録率は８９．０％だった。一方、個人事業主の登録は急増した。２０１６年「経済センサス」時点の個人事業主数（１９７万９０１９件）に基づく登録率は４３．２％、課税事業者（１１０万件）に基づく登録率は７７．８％となっている。ここにきて登録が加速した格好だが、依然として法人と比べ登録は思うほど進んでいない。
個人事業主は、納税が免除されている課税売上高１０００万円以下の免税事業者が多い。実数の把握が難しい、企業に雇用されない個人の業務委託契約者なども含めると個人事業主の免税事業者数は、法人数を大きく上回る。業務委託契約者を含めた個人事業主の免税事業者から課税事業者への移行は、推計で約１５０万件が見込まれ、遅れていた登録件数を押し上げ始めているようだ。
支払側にも課題が多い。企業を中心とした支払側は、免税事業者と取引を継続すると経過措置もあるが、いずれ税負担が増える。さらに、免税・課税と区分した請求書の管理などコスト負担も重い。インボイス制度開始を見据え、負担増の把握とともに免税事業者との取引中止を決定した企業が増えれば、取引を継続するために個人事業主の登録がさらに増加する可能性もある。
国税庁によると、２０２３年３月末のインボイス登録数は２６８万８６７件。一方、個人事業主の登録数は８５万６０６０件だった。国税庁の２０２０年度統計年報の課税事業者数は約３１５万件で、法人約２０５万件、個人事業主約１１０万件だが、課税事業者すべてが登録すると仮定した試算では、法人の登録率は８９．０％、個人企業は７７．８％で、全体では８５．２％となります。